Schon seit den Jahren nach 1900 wurde in Meßkirch Fußball gespielt. Zu den frühen Pionieren des Meßkircher Fußballs gehörte übrigens auch der Philosoph Martin Heidegger. Die noch vor dem Ersten Weltkrieg angelegten Sportplätze beim Badhäusle zwischen Bahnlinie und Ablach sowie im Ablachried bei der Spulenfabrik Stoll waren beide nach Längerem Regen häufig überschwemmt und Fußballspiele glichen dann wahren Moorschlachten, an deren Ende auf dem Spielfeld Freund und Feind kaum noch zu unterscheiden waren. Ein im Hofgarten angelegter dritter Sportplatz ermöglichte dank der im Spielfeld stehenden Bäume interessante Mischungen aus Fußball und Billard. 1921 spalteten sich die Fußballer vom Turnverein ab und gründeten ihren eigenen Verein, den bis heute bestehenden Sportverein.
Arno Schlude war in den 50er Jahren aktiver Spieler in der Meßkircher Fußballmannschaft. Damals, so erinnert er sich, habe der Fußball in Meßkirch viel gegolten und sei die bei Weitem wichtigste Sportart gewesen. Bei Spielen hätten sich regelmäßig viele Zuschauer auf dem Sportplatz eingefunden. Vor allem einige Auswärtige, die nach dem Krieg vorübergehend in der Stadt hängengeblieben seien, hätten damals einen ganz neuen Schwung in den Meßkircher Fußball gebracht. Anders als heute habe in den 50er Jahren der Sportverein keine Nöte gehabt, einen Vorsitzenden zu finden. Der Posten sei unter den örtlichen Honoratioren begehrt gewesen, da habe man etwas dargestellt.
Das traditionelle Vereinslokal der Fußballer war das Hotel Adler. Da es in den 50ern auf dem Jahnsportplatz, auch im neuen Stadion, noch keine Umkleide- oder Duschkabinen gegeben habe, haben sich die Meßkircher Spieler immer schon zuhause umgezogen und seien im Trikot auf dem Sportplatz erschienen. Bei Turnieren sei für die auswärtigen Spieler ein Wagen der Wäscherei Häusler als Umkleideraum zur Verfügung gestellt worden.
Der größte Erfolg des Vereins war die Teilnahme an der 1. Amateurliga in der Saison 1961/62, der damals höchsten deutschen Amateurklasse. Dies blieb allerdings eine nur ein Jahr dauernde Episode.
Nachdem die Mannschaften Ende der 1990er Jahre sportlich bis in die unterste Liga abgestiegen waren, konnte sich der Verein inzwischen erholen. 2004/05 stieg der Verein in die Landesliga auf. Die direkten Abstiege in den zwei Folgejahren bedeuteten zunächst das Ende der Erfolgszeit, im Kreisligajahr wurde jedoch mit der Meisterschaft und dem Aufstieg in die Bezirksliga die Kehrtwende geschafft. Seit der Saison 2014/2015 spielt der SV Meßkirch aber wieder in der Kreisliga A, Staffel 3 im Bezirk Bodensee.
Das kreisförmige, gelb grundierte Emblem mit blauer Schrift zeigt in der Mitte das Wappen der Stadt, einen dreischwänzigen, rot bezungten goldenen Löwen, der in den Pranken einen halbkreisförmig vorgebogenen roten Schaft hält, an dem zwischen den Pranken das silberne Blatt einer Hellebarde befestigt ist. Der Schriftzug über dem Stadtwappen nennt den Vereinsnamen, die Jahreszahl unter dem Stadtwappen das Gründungsjahr 1921 – und 2004, als der SV Meßkirch mit der SG Rohrdorf/Menningen fusionierte. Der Verein ist im Vereinsregister eingetragen, daher das Kürzel e.V. hinter der Gründungsjahreszahl.